使用禁止など特に記載がなければ問題ありません。カラフルにし過ぎて読みにくくならないよう、強調したい箇所のみに使用すると良いですね。ただ、提出先で白黒コピーをされてしまうと残念なことに・・・。表現を工夫しているエントリーシートは読みやすく、目に留まりますが、より大切なのは「丁寧に記入すること」。エフピコでは、字の上手い・下手ではなく、内容はもちろん熱意を込めて記入してくれているかを見ています。
エントリーシートの提出要項には「黒のペンまたはボールペンで記入ください」と制限されているものが多くあります。仮にそのような制限がない場合でも、エントリーシートは最終面接まで使う重要な書類となりますので、黒色で記入することを心がけましょう。
カラーペンは目立ちますが、乱用するとかえって書類が見づらくなってしまいます。あなたの個性を発揮したいのなら、文章を工夫するなどしてアピールした方が良いでしょう。